Depende de las resistencias de tus jugadores titulares, los minutos que jueguen, los stats y los de los suplentes.
Si un jugador es mucho mejor a su suplente y tiene una resistencia alta, si que lo haría mejor jugando él los 48 min.
Sin embargo si la resistencia es muy baja, más vale tener suplente pues se cansará rápido y su rendimiento disminuirá.
Por otro lado no tener suplentes puede perjudicar a las formas si los hacer jugar casi todo el partido los 2 partidos semanales de liga.
Saludos