Respondiendo a tu cuestión, no hay ninguna desventaja como dices, al revés, entrenarán más deprisa a una posición que a dos. Por otro lado, tampoco sería mala idea seguir el entreno biposicional que llevabas, 5 de los 6 recibirán el entreno completo y el sexto, que no llegó a los 48 minutos, recibirá un porcentaje indeterminado pero alto.
Por último, creo que esto va mejor en el foro de ayuda que aquí.
Saludos.