A mi me paso lo mismo en el juego de futbol Hattrick, en donde mi cuñado tenia un cuadro y yo otro y entrabamos desde la misma computadora. Me quitaron mi cuadro cuando lo rete a un amistoso, porque me decian que no podian retarse dos equipos desde una misma IP o ordenador.
Lo que te convendria hacer es crearse una cuenta cada uno (con un correo distinto cada uno, obviamente) y no interactuar como bien dijiste con los cuadros, ni transferencia de jugadores, ni amistosos, y si pueden, sería mejor que estuvieran en distintas ligas.