La única forma de entrenar a 6 jugadores a dos posiciones es exactamente como tú estás haciendo, con convocatorias cortas y obligando a los titulares a jugar los 48 minutos.
Obviamente el rendimiento baja, ya que se "cansan" durante el partido y acaban rindiendo peor.
Y no, no conozco ninguna forma de asegurarse que algún jugador juegue sólo "x" minutos, a no ser que sean 48 ;).