Si tu mejor defensor es el base, parece lógico ponerlo a defender a su alero, que es el mejor atacante. No obstante, hay que valorar algunos "efectos secundarios" de tomar esa decisión.
En primer lugar, su alero puede ser un buen atacante exterior, interior o compensado. Si tu base es sólo buen defensor exterior y su alero es completo, que normalmente si el programa te lo pone como alero, es que tiene cualidades interiores, puedes no haber contrarrestado en absoluto esa fortaleza de tu rival. Claro que también puede ser que tu base sea buen defensor exterior e interior y entonces no habría problema alguno en este sentido.
Y en segundo lugar, si tu base defiende como alero, pero es malo reboteando, este aspecto se va a resentir. En defensa, el alero es el tercer jugador en importancia para valorar el potencial reboteador del equipo, y por ahí podrías estar concediendo demasiadas segundas oportunidades de tiro a tu rival.
En relación con las otras preguntas que haces, con la 3-2 se supone que la mayor parte de las veces el base va a defender al base rival y lo mismo entre escoltas y aleros. Si cambias las posiciones defensivas, tu base defenderá la mayoría de ataques del alero rival y viceversa.
Esto afecta al quinteto titular y a los suplentes, es decir, a los que estén en pista en cada momento, por tanto tu base suplente también defenderá a su alero titular y/o al suplente.
Un saludo