Hombre, pues si se lesiona o lo echan por faltas, no entrena completo... sólo entrenará los minutos correspondientes. Es un riesgo que hay que correr... si quieres entrenar al máximo de jugadores que permite el entrenamiento que pretendes hacer, hay que asumir riesgos... si quieres asegurarte todas las semanas que no haya sorpresas, deberías entrenar menos jugadores... eso ya depende de tus prioridades.
Por cierto... además de lo que dice Feder... deberías tener en cuenta no convocar a nadie que no esté alineado en alguna posición... porque el entrenador puede decidir darle un relevo al jugador que quieres que juegue el partido completo. Alinea sólo los jugadores que quieres que jueguen y en las posiciones que quieres que jueguen, por lo tanto, si entrenas en uniposicional, convocarás un máximo de 9 jugadores... si entrenas biposicional, convocar un máximo de 8 jugadores...
Y, por supuesto, usar "seguir estrictamente tus órdenes"...
Y aún así, de vez en cuando te encontrarás que no juegan los 48 min... a todos nos ha pasado alguna vez.